داستان نفس زکیه – که مردی هاشمی و پاک است. آن گاه آغاز می شود که امام مهدی (عج) در مرحله ی ابتدایی ظهور فرموده اند و به عنوان یک قیامگر در مدینه منوره به سر می برند. سفیانی سپاهی به آن جا گسیل می دارد.
روایت شده است که:
«نفس زکیه جوانی از آل محمد است. نامش محمد و فرزند حسن است که بی جرم و گناه کشته می شود. هنگامی که او را می کشند، دیگر نه در آسمان عذرخواه خواهند داشت و نه در زمین یاور. در این هنگام، خدای متعال قائم آل محمد را بر می انگیزد...»
امیرمؤمنان (ع) کشته شدن نفس زکیه را این گونه توصیف می فرمایند:
«قتل نفس حرام فی یوم حرام فی بلد حرام عن قوم من قریش، و الذی فلق الحبه و برا النسمه ما لهم ملک بعده غیر خمسه عشر لیله»
«کشتن نفسی حرام، در روزی حرام، در شهری حرام (یعنی جان و ماه و سرزمینی محترم)، به دست گروهی از قریش رخ می دهد. سوگند به آنکه دانه را شکافت و انسان را آفرید، بعد از این کار، دیگر حکومتی نخواهند داشت؛ جز پانزده شب.»
(کتاب منجی به روایت اسلام و مسیحیت)